Der! Die! Das!
Wer? Wie? Was?
Wieso? Weshalb? Warum?

Wieso? Weshalb? Warum?

Motivation

Motivation (2)

Higgins et al. (2022)

Motivation (3)

Regeln der Drittmittel-Geber*innen

Es gilt: Wenn das geförderte Projekt FAIR1 sein muss, müssen Laborbücher geführt werden

  • European Research Council
  • Bundesministerium für Bildung und Forschung
  • Deutsche Forschungsgemeinschaft
  • Volkswagen-Stiftung

Ein fiktives Beispiel

  • Person X promoviert am Institut
  • Nach ihrem Ausscheiden kommen Fragen auf zu ihrer Forschung
  • Anhand der Laborbücher lässt sich nachvollziehen:
    • wie Stichproben erhoben wurden
    • Code zu Poweranalysen sind im git repo zu finden
    • Durchführung der Experimente ist dokumentiert
    • Erhobene Daten liegen im data repo
    • Analyse-Code ist im git repo

Ein fiktives Beispiel (2)

  • Die Ergebnisse sind reproduzierbar
  • Die Daten geben keine Hinweise auf Irregularitäten
  • Eine andere Arbeitsgruppe repliziert die Experimente

Inhalt eines Lab-Notebooks

  • Forschungshypothese
    • Synapse bisheriger Erkenntnisse
    • Literaturbelege
    • Hypothese(n)
  • Überlegungen zum Versuchsdesign
    • Population
    • Design
    • detaillierter Analyseplan
    • erforderliche Stichprobengröße(n)
  • Ethikantrag
  • Versuchsplan (Daten erheben: wo, wie und wer?)
  • verwendete Geräte (Modell und Hersteller)
    • Einstellungen dokumentieren
    • Firmware-Upgrades vermerken
  • verwendete Software (Version und Hersteller/Herkunft)
    • Versions-Upgrade
  • ggf. verwendete Fragebögen (Autor[en] und Ausgabe, Verlag)
  • ggf. Stimuli
  • ggf. Stimulus-Präsentationsskripte

Wie?

Papierene Lab Journals

  • Gebunden
  • Dokumenten-echt
  • Seitennummerierung
  • Beschriften
  • Inhaltsverzeichnis
  • Einträge datieren
  • Keine leeren Seiten
  • Durchstreichen

Vor- & Nachteile papierener Lab Journals

Vorteile

  • Auf Papier zu schreiben ist (für manche) “natürlicher”
  • Layout-Gestaltung einer Seite schnell / on-the-fly
  • Nur die ‘wichtigen’ Dinge werden aufgeschrieben

Vor- & Nachteile papierener Lab Journals (2)

Nachteile

  • Nicht durchsuchbar
  • Nicht einfach zu teilen
  • Kein kollaboratives Arbeiten möglich
  • Backup sehr mühsam
  • Schlecht leserlich
  • Idiosynkratische Ordnung
  • Regeln für Lab Journals kennen und befolgen
  • Feuchtigkeit- und Feuer-empfindlich
  • Nur die persönlich als wichtig erachteten Dinge werden aufgeschrieben

Beispieleinträge

Elektronische Lab Journals

  • Open source
    • selbst gehostet (nur intern erreichbar)
    • externer Hoster (self-managed server; Finanzierung)
      • Daten verlassen das Institut – klären, ob das ohne Auftragsverarbeitungs-Vertrag zulässig ist
    • Software und der Server benötigen Pflege
    • Backups gegen Verlust
    • Föderiertes Angebot

Elektronische Lab Journals

  • Kommerzielle Produkte
    • Periodischer Kostenpunkt
    • Daten verlassen das Institut – klären, ob das ohne Auftragsverarbeitungs-Vertrag zulässig ist
    • Nur Firmen mit Speicherung innerhalb EU zulässig (DSGVO)
    • Firmen mit Sitz außerhalb EU problematisch

Vor- & Nachteile elektronischer Lab Journals

Vorteile

  • Gut durchsuchbar
  • Leicht teilbar
  • Kollaboratives Arbeiten möglich
  • Standardisiertes Format – alle Laborbücher sind gleich
  • Zentral gespeichert – leicht auffindbar
  • (Hoffentlich) auf allen Plattformen
  • Von überall her erreichbar (außer bei uns self-hosted)
  • Regeln für Lab Journaling müssen nicht detailliert memoriert werden

Vor- & Nachteile elektronischer Lab Journals (2)

Nachteile

  • Planung nötig (vorher festlegen, was alle eintragen/ausfüllen müssen)
  • Unflexibel, da Schablone
  • Weniger ‘natürlich’ auszufüllen (Boomer et al.)

Wie sollen WIR das lösen?

Vorüberlegungen

  • Anfangs muss es nicht perfekt sein
  • ‘Praktikabel’ und ‘so gut wie möglich’ erstrebenswert
  • Iterative Anpassung an unseren Alltag & unsere Bedürfnisse

Anbieter elektronischer Lab Journals

Higgins et al. (2022)

Anbieter elektronischer Lab Journals (2)

Kommerziell

  • eLabNext (NL): eLabJournal; $?
  • SciNote (US): SciNote ELN; $250 - $? pro Nutzer/Monat
  • Labguru (US): Labguru; $?
  • G2 (IN): CrelioHealth LIMS; $450 (3 Nutzer pro Monat) - $2.500 (12 Nutzer pro Monat)
  • LabArchives (US): $360 pro Nutzer und Jahr

Anbieter elektronischer Lab Journals (3)

Open source

Entscheidungshilfen

https://www.cdi.fau.de/services/elektronisches-laborbuch/

https://repository.publisso.de/resource/frl:6426642/data

https://eln-finder.ulb.tu-darmstadt.de/home

Baker (2021)

Higgins et al. (2022)

Kranjc (2021)

Kwok (2018)

Literatur

IMMM 2024

Baker, M. (2021). Five keys to writing a reproducible lab protocol. Nature 597, 293–294. doi: 10.1038/d41586-021-02428-3
Bauch, A., Adamczyk, I., Buczek, P., Elmer, F.-J., Enimanev, K., Glyzewski, P., et al. (2011). openBIS: A flexible framework for managing and analyzing complex data in biology research. BMC Bioinformatics 12. doi: 10.1186/1471-2105-12-468
CARPi, N., Minges, A., and Piel, M. (2017). eLabFTW: An open source laboratory notebook for research labs. The Journal of Open Source Software 2, 146. doi: 10.21105/joss.00146
Higgins, S. G., Nogiwa-Valdez, A. A., and Stevens, M. M. (2022). Considerations for implementing electronic laboratory notebooks in an academic research environment. Nature Protocols 17, 179–189. doi: 10.1038/s41596-021-00645-8
Kranjc, T. (2021). Introduction to laboratory software solutions and differences between them. Digital Transformation of the Laboratory, 75–84. doi: 10.1002/9783527825042.ch3
Kwok, R. (2018). How to pick an electronic laboratory notebook. Nature 560, 269–270. doi: 10.1038/d41586-018-05895-3